Som generalsekretær for Unasur, var Kirchner's første udfordring genetablering af diplomatiske forbindelser mellem Venezuela og Colombia. Stod også over en kupforsøg i Ecuador.

Tidligere præsident Nestor Kirchner komplekse udfordringer i løbet af sin korte tid som leder af sekretariatet generelle af Unionen af Sydamerikanske Nationer (Unasur) og konfrontationen mellem Venezuela og Colombia og kupforsøget i Ecuador.
Kirchner tiltrådte integration forum den 4. maj i år, på det ekstraordinære topmøde i lokalområdet i Los Cardales.
Hans kandidatur blev forstærket af præsidenten i Ecuador, Rafael Correa, og havde støtte fra brasilianske præsident Luiz Lula da Silva og Venezuelas præsident Hugo Chavez mødtes med modstand i uruguayanske regering, som havde nedlagt veto mod Kirchner for confl it bilaterale aftaler med Argentina i løbet af de Botnia cellulosefabrik i Fray Bentos.
Den assisterende vandt godkendelsen af Montevideo José Mujica har formandskabet for Uruguay, på et tidspunkt, hvor Unasur banede vejen for en sydamerikansk forsvarsråd at vedtage en protokol om fred, sikkerhed og regionalt samarbejde.
Kirchner fi Gure var nøglen til at løse den første store omvæltninger af blokken, når Venezuela og Colombia brød de diplomatiske forbindelser den 23. juli som følge af ophævelsen af regeringen i Alvaro Uribe i nærværelse af FARC-guerillaer i venezuelanske område med den påståede Chavez's samtykke.
Eskaleringen af confl IKT tvang ham til at rejse første måned efter Caracas, hvor han mødtes med Chavez, og derefter til Bogota for at afdramatisere situationen med det nyligt antages Juan Manuel Santos.
Den 30. september af Unasur blev testet igen, denne gang inden for kupforsøget i ecua Dor, og en hurtig opfordring til præsidenter Kirchner i Buenos Aires blok tilladt et stærkt signal til regeringerne i regionen brydes mod den institutionelle orden.
I denne ekstraordinære topmøde 1. oktober besluttede stats til at vedtage en tillægsprotokol til traktaten om oprettelse af Unasur at indarbejde den "demokratiske klausul".
Protokollen vil blive fi rmed den 26. november i Guyana, som skulle blive den næste udnævnelse af Kirchner foran Unasur